Wraz z transformacją Republiki Bośni i Hercegowiny w dzisiejszą Bośnię i Hercegowinę, nastąpiła również zmiana banku centralnego. 20 czerwca 1997 r. bośniacki
parlament ustanowił Bank Centralny Bośni i Hercegowiny podmiotem sprawującym pieczę nad nową walutą – marką zamienną. 11 sierpnia 1997 r. bank rozpoczął swoją działalność.
W ciągu pierwszych sześciu
lat Rada Zarządzająca składała się z Gubernatora, który był Przewodniczącym Rady Zarządzającej, oraz trzech członków, z których dwóch (Bośniak i Chorwat) pochodziło z Federacji BiH, a jeden
(Serb) z Republiki Serbskiej.
Z okazji 25. lecia (2021r.)
Banku Centralnego został wyemitowany numizmatyczny zestaw monet KM.