Główne cele i zadania Banku Centralnego zostały określone w ustawie oraz zgodnie z Ogólnym Porozumieniem Pokojowym w Bośni i Hercegowinie. Bank Centralny Bośni i Hercegowiny utrzymuje stabilność monetarną poprzez emisję waluty krajowej zgodnie z ustaleniami Rady Walutowej z pełnym pokryciem w swobodnie wymienialnych funduszach walutowych przy stałym kursie wymiany 1 KM: 0,51129 EURO. Bank centralny określa i kontroluje realizację polityki pieniężnej Bośni i Hercegowiny. Bank Centralny wspiera i utrzymuje odpowiednie systemy płatności i rozliczeń. Koordynuje również działalność agencji bankowych w BH, które są odpowiedzialne za licencjonowanie i nadzór nad bankami.
Najwyższym organem Banku Centralnego Bośni i Hercegowiny jest Rada Zarządzająca, która jest odpowiedzialna za ustalanie i nadzór nad polityką pieniężną, organizacją i strategiami Banku Centralnego, zgodnie z uprawnieniami nadanymi Radzie przez ustawę. Zgodnie z Ustawą o CBBH, Rada Zarządzająca składa się z pięciu osób powoływanych przez Prezydium BH na sześcioletnią kadencję. Rada Zarządzająca powołuje jednego ze swoich członków na Gubernatora. Zarząd Banku Centralnego składa się z Gubernatora i trzech Wiceprezesów, mianowany przez Gubernatora za zgodą Rady Zarządzającej. Zadaniem Zarządu jest operacyjne zarządzanie działalnością Banku Centralnego. Każdy wicegubernator jest bezpośrednio odpowiedzialny za operacje jednego sektora Banku Centralnego.
Bank Centralny ma Centralę, trzy Jednostki Główne i dwa Oddziały. Centrala Banku Centralnego Bośni i Hercegowiny znajduje się w Sarajewie. Główne jednostki to Jednostka Główna Sarajewo, Główny Bank Republiki Serbskiej CBBH Banja Luka i Jednostka Główna Mostar. Oddziały to: Oddział CBBH w Brčku i Oddział CBBH w Pale.